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一连数天的时间，墨菲就在蜂巢之中游荡，并且代替红后执行智能系统的工作，保证无人发现他的存在。而生化危机的起点事件终于爆发了，作为开始的重要人物，和爱丽丝同样是保安人员的史宾斯·帕克斯，这天进入了蜂巢。
他离开了自己的工作岗位，蜂巢的外部入口伪装成一栋古老的别墅，充满了欧洲建筑的风格，由爱丽丝与史宾斯·帕克斯两人伪装成夫妻守卫这里。
然后今天史宾斯·帕克斯进入蜂巢，乘坐电车进入通道，而他的身份则是被篡改了，这种入口的守卫现在竟然有权限进入蜂巢的内部，病毒存放的重要区域，墨菲对此并没有阻挡。
而蜂巢内部的保安也没有阻挡，保护伞的安全措施很多依赖于计算机系统，或者说是红后，只要提高了保安级别，那么其它人根本不会去复查你的身份。
史宾斯·帕克斯一路来到了病毒存放的位置，将病毒小心的拿出来放在一个特质的箱子里面，离开的时候，他特意打碎了一支T病毒。病毒扩散进入通风系统，随后会扩散到整个基地之中，而墨菲也将执行红后的防御措施，没有改变、也没有增加，完全的执行红后的防御步骤。
整个蜂巢之中五百多人即将死亡，对此墨菲根本不在意，他在‘矩阵’世界杀戮数十万，那才是真正的杀戮，而这里的人类感染了病毒，他们再被杀死之前其实已经等于死了。各种防御手段启动，将所有人杀死隔离起来，红后的手段确实是正确的，如果保护伞不派人进入这里的话，那么病毒将会永久封闭。
可惜的是，保护伞要的就是病毒扩散，同时还有对克隆人的实验，爱丽丝就是现在最好的实验体，她本身就已经被注射过病毒了。应该说，爱丽丝是最为成功的病毒注射案例，她不单单强化了身体，同时大脑也得到了强化，产生了念力，只可惜这种能力有很大的限制，使用的次数极少。
蜂巢之内的人类全部死亡，并且被墨菲关了起来，限制了他们的行动，而这些病毒感染者全部静止不动，或者在一些位置不断的游荡。
丧尸只剩下饥饿感，一旦闻到肉的味道或者听到声音就会扑过去，墨菲按照红后的逻辑思维将他们控制在固定的区域之内，随后就是要等待爱丽丝和雇佣兵小队的进入了，时间不会太久，现在爱丽丝因为保安机制昏迷着。
……
几个小时之后，一队雇佣兵气势汹汹的冲入了别墅之中，看上去他们很酷，但是墨菲却很清楚，这是一队克隆人雇佣兵，他们的实力其实不太好，队长詹姆士·薛德看上去沉着冷静、身手不凡，可惜他明显缺乏经验。
而整个小队的战斗力真的很弱，面对移动缓慢的丧尸，完全就是浪费子弹的扫射，真正的士兵面对被围攻的情况下，首先应该判断敌人的攻击力，毕竟丧尸都是走过来的。第一批感染者的移动速度很慢，这个时候应该冷静的射击，而蕾恩被咬伤更加的荒唐，观察力完全不够。
回忆着电影中的剧情，然后看着现实中的佣兵小队不断的深入蜂巢，墨菲感觉还不错，现场观看更加的身临其境。爱丽丝短暂失忆的情况下，一直尽量保持着低调，而史宾斯·帕克斯同样失忆，对于自己做过的事情完全不记得了。
墨菲估计，蜂巢下面的那个基地想要开启，最少要等核弹攻击之后，浣熊市成为废墟的时候，辐射让这里变成了死城，到时候正好方便保护伞的行动，没有人会在意一座死城的。而感染已经不可控制的扩散开来，但是浣熊市在核弹攻击之后，一定的时间内反而成为了最为安全的地方。
这就是一个时间差了，在核弹袭击之后，这里的丧尸几乎全灭，到时候只需要穿上防护服，则是可以安全的进入隐秘基地，随后进行冷冻休眠，然后等着外面的人类灭绝，最后消灭丧尸统治地球。
墨菲对此无动于衷，他要的是技术，而他也不是救世主，这个世界从来没有救世主的，人们是否可以拯救自己是他们的事情。
……
佣兵小队进入了主机房，卡兰普这个菜鸟黑客嘚瑟的很，打开主机房通道之后，将最后一条通道完全无视了，这么重要的地方完全没有防御吗？墨菲启动激光预防，直接干掉了大部分的佣兵，包括那个酷酷的队长先生。
而墨菲也没有阻挡他们进入主机房之中，因为他们是会重启主机的，不然根本无法活着离开这里，同时主机一定要重启一次，不然容易露出破绽。红后并不成熟，不然墨菲也不会那么容易的控制她，保护伞可不是白给的。
丧尸出笼，当然墨菲看不到了，主机关闭之后，他就静静的待在主机之中，他并不害怕被困在这里，因为即便是爱丽丝他们不重启，那么保护伞也会重启的，不然他们无法进入下层通道。
时间好像并不长，很快主机重启，墨菲再次上线，墨菲用红后的形象面对爱丽丝等人，按照剧情的发展进行着表演，并没有加戏进去，他不敢改变什么。
一切都很顺利，盯着爱丽丝他们离开，最后关闭了大门之后，墨菲开始盯着外面，保护伞的人抓走了爱丽丝。而保护伞开始了另外一次的表演，又是一个小队开启了大门，结果还没有进入其中，就被蜂拥的丧尸淹没了，生化危机正式开始，病毒蔓延出去，整个浣熊市慢慢进入了恐慌之中。
保护伞的目的达成，病毒的扩散让整个城市都在战栗，警察们忙于抓捕。可惜他们没有直接射杀，不然或许可以稍微多抵抗一会儿，然后他们抓捕的过程中很多人被咬中，警力开始锐减。而浣熊市被封锁，病毒携带者其实很多已经出去了，只不过他们的还没有病发，爱丽丝再次醒来，保护伞继续对她进行实验。
直到最后，一枚核弹飞来，爱丽丝等人逃离，整个浣熊市彻底陷入了沉寂，墨菲一直等待的机会来到了，他只要盯着蜂巢主机控制室即可。