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慈禧垂帘听政以后，借整顿吏治之机，此案又被提及。慈禧痛下决心，一定严惩，要杀一儆百。负责总办秋审的刑部郎中余光绰就是常州人，对何桂清十分愤恨，而他恰好负责此案。
他认为仅依据“封疆大吏失守城池斩监候，秋后处决律“是不够的，又加上何桂清击杀执香跪拜父老十九人，伤天害理，罪当加重，拟斩立决。
然而，盘根错节的政治关系，却使本已定罪明确的案件变得十分复杂，来自于方方面面的说客竭力为其开脱。这些人各怀心腹事，有的是私交甚厚，有的是兔死狐悲，有的是不明是非，有的是见风使舵。
一时间，围绕是否诛杀何桂清掀起一股狂澜。慈禧执意认为举国用兵，如果包庇临阵脱逃的将帅，又何以鼓舞三军士气？争论没有阻挡住慈禧杀何桂清的决心。
自太平天国爆发以来，清廷封疆大吏及府县各官，连连失地弃城。有的府县官员赴任之所，因地当要冲或邻近太平军，竟规避不前，数年不到任。
有的官员则是太平军一到，即弃城逃走，为逃避失城罪责，事后托请上司倒填年月，捏称因公赴乡出境。
此类积弊一直未予严肃处理，以致吏治日坏，丧师失地之员日见其多。
看完奏折，慈禧断然处决何桂清，军兴以来第一次使一品大员以失地弃城罪伏诛，刹了上述歪风，整饬了吏治，纲纪为之肃然。
但是，这还不够，慈禧要借此立威，重塑朝纲！慈禧垂帘不久，适逢三年一次对官员进行考核的“京察“和“大计“。
这是效仿明朝的官员管理制度而实施的一项对现任官考核的制度。
每三年考核一次，对京官的考核叫“京察“，对地方官的考核叫“大计“。按照清朝的制度，京察时三品以下官员由吏部和都察院负责考核。
三品以上官员及总督、巡抚等方面大员，则先自陈政事得失，最后由皇帝敕裁。经过考察后，官员按照“称职“、“勤职“、“供职“三种等级，实行奖惩。
“大计“是考核道、府及州县官员。一般是由各级官员依隶属关系逐级考察，做出评断，最后申之各省督抚，核其事状，注考造册，送吏部复核。
“大计“后的官员，按“卓异“与“供职“两个等级奖惩。清朝对官员的考绩，不论是“京察“还是“大计“都以“四格“、“六法“作为考核标准。
所谓“四格“是指“才“（指才干，分长、平、短三等），“守“（指操守，分廉、平、贪三类），“政“（指政务，分勤、平、怠三类），“年“（指年龄，分青、中、老三类）。
所谓“六法“是指“不谨“、“罢软无为“、“浮躁“、“才力不足“、“年老“、“有疾“等六个方面的缺失。经过考核，被列入“不谨““罢软“者，革职处分；属“浮躁““不才“者降级；“年老““有疾“者勒令退休。
这种制度的实施，其目的在于奖优罚劣，使各级官员时时恪尽职守、效忠朝廷。京察与大计涉及官员的奖惩，贿赂徇庇就是司空见惯的官场事情。
长官往往博宽大之名，每届京察，只黜退数人，余概优容，而被劾者，又不免冤抑。
慈禧认为，此次官员考核是她推行吏治整顿不可多得的机会，通过考核可以裁汰庸懒、老弱、不称职的官员，也可以使官场有所警示，寻求振作。
为达到自己满意的效果，慈禧亲自掌握这次考核的奖惩大权。
慈禧认为，要取得此次考核不同以往的效果，就不能虚应了事。因此，慈禧亲自掌握奖惩大权，议政王奕提供考察依据，两宫太后分别引见各级官员，依据政绩，给予考核。
考核的原则：以官声、政绩取人。成绩突出者，给予破格提拔；平庸衰朽者，不论“年已逾岁“或将近休龄，都勒令退休。为的是将年富力强有进取心的官员安排在重要岗位上。
潘祖荫，字伯寅，号郑庵。咸丰二年探花。他以才华出众、耿介敢言蜚声朝野。左宗棠由于樊燮一事被劾时，潘祖荫就曾积极上疏为左宗棠辩白，竭力推荐左宗棠的才能。
其中“天下不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠“就是出自他之口。
慈禧垂帘听政开始，曾经诏求谏言，潘祖荫上疏请皇上勤圣学，求人才，整军务，裕仓储；敬请免民赋以纾民力。慈禧批阅后颇为欣赏，认为这是一个不可多得之人才，京察中将其升任光禄寺卿。
将年老体衰已不能胜任工作的内阁学士巴彦春、平庸无能的光禄寺卿雷以諴和品行污下的光禄寺少卿范录典，一律同时勒令退休。
在官员任用上不分满汉，奖惩分明。
但对于刚刚垂帘听政的慈禧来说，她与历代皇帝一样，对于汉族官员尤其是统军大员有着极大的戒备心理。
然而慈禧这时清楚，直接威胁大清统治稳定的是，长江流域的太平军和黄河流域的捻军，这些心腹大患一天不除，她的统治就一天不得安宁。
然而，环视左右，那些满族大员不是颟顸无能，就是妄自尊大。从咸丰爷到自己垂帘听政的十余年间，一直尽心尽力效忠朝廷、屡受挫折却坚持围剿太平军的最大功臣，却是以曾国藩为首的汉族官员。
在清朝的政治体制中，一直坚持满重汉轻的原则。满族官员不仅在决策中拥有绝对的权力，而且占据重要职位，以维持满人的显赫地位。
然而，随着满人整体政治素质的下降，越来越多的政治、军事活动不得不依赖汉人官僚和士绅。肃顺就喊出了“天下满人混蛋多“，应该是这一时期社会的真实写照。
慈禧同样担心曾国藩的发展会成为威胁大清统治的地方势力，然而她更清楚，对于她来说为患最重的是太平军的存在。而对于官员任命中的满汉分治，慈禧有着更为现实的考虑。