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文官从九品开始，州、县分上、中、下县，下县主簿从九品，中上县主簿正九品，下县丞正九品，中上县丞从八品，下县知县从八品，中上县知县正八品。京兆、顺天、承天、应天、奉天四府下辖的县为直隶县，县主簿为从八品，县丞为正八品，知县为从七品。
下州知州正七品，州别驾从七品，州通判从八品，中知州从六品，州别驾从七品，州通判正八品。上州知州正六品，州别驾正七品，州通判从七品。要州（即位置要害、人口众多、十分富庶的州，如徐州、苏州、扬州、杭州、益州、汴州、洛州、楚州、青州、晋州、荆州、广州、福州等二十五州），知州正五品，一般加衔。州别驾正六品，州通判正七品。
京兆、顺天、承天、应天、奉天五府尹，皆为正三品，皆由内阁阁老或亲王、郡王遥领，无实权。一般遥领京兆府尹的亲王，就可默认为太子。实际管事的为五府知府，正四品，同知、通判正五品和正六品。一般称为京府、辽阳府、开封府、金陵府、西安府。
行省有布政司主理民政，称巡抚，正四品，有按察司主理司法审判，称巡按，从四品，有指挥司主理地方兵马，称总兵，从四品。还有负责提学的学政，正五品到正四品不等，还有负责钱粮税赋的转运司，人称藩台或粮台，转运司主官参议，正五品或从四品。
还有属于都察院，分驻和分巡地方的巡道御史，负责肃政纠劾，一般都是八品到七品。
中央分三省六部九署。中书省负责决策，中央政令，包括皇帝诏书，都以中书省名义，或者中书省拟定恩准后发布。主官中书令，正二品，因本朝太祖未登基前以中书令执政，故避讳不设，以中书侍郎为中书省主官，从二品。
副职中书省左右丞，正三品，分领二十四厅，对应各部和各行省，厅主官主事，也称中书主事或中书郎中，正五品，副职佥事，也叫中书佥事，从五品。还有中书舍人两到三人，直属中书侍郎，正六品，负责拟定中书省的制令。因为大秦朝中央政令都由中书省出，中书舍人即负责大秦朝的中央政令的拟定，称为外制事。
尚书省负责执行，由尚书仆射为主官，从二品，下分六部，部下再分各司。各部尚书，正三品，左右侍郎，正四品，各司主官郎中，正五品，副职员外郎，从五品，各司以下有科，主官主事，正六品，副职佥事，从六品。因为五军都督府，兵部职权严重削弱，只负责地方警戒、治安等其它事务。
门下省负责监督，所有中书省颂布的中央政令，包括皇帝诏书，必须有门下省副署，主官门下侍郎，从二品，副职左右丞，也叫左右散骑常侍，正三品，分领都察院，也叫御史台。门下左右丞兼领左右都御史，一负责监察殿中、尚书各部等中央机构和京兆府，另一负责地方监察弹劾。门下省还有门下给事中两到三人，直属门下侍郎，正六品，负责监督中书舍人的拟制，副署。再下是左右副都御史，正四品。
九署：大理寺，负责对刑部审判案件的审理复核，尤其是死刑，拥有最高复核权，主官大理寺正卿，副职左右少卿。
度支司，负责对天下钱粮和赋税（户部），各行省、各机构支出进行复核审计，正卿，左右少卿；
鸿胪寺，负责招待来朝的各外国使团，以及出使各国。正卿、左右少卿；
通政司，主官通政使，左右副使；
国子监，主官国子监祭酒，副职左右司业；
都察院，主官为左右都御史，分殿中御史，负责朝堂风纪纠察；监察御史，分二十五道，分别监察各行省和各部各署。
枢密院，负责情报和军事协调。主官枢密使，副职，枢密同知。
市舶司，负责海外船舶出入以及赋税征收。
翰林院，比较特殊和重要的部门，职能有三，一是给皇帝、内阁提供咨询，二是给皇帝、宗室、各文武大臣讲课；三是管理下属的国史馆（修史）、弘文馆（也叫庶吉馆，庶吉士们学习实习的地方）、詹事府（负责王子公主们的教育）、殿中司（知制诰-负责帮皇帝拟定诏书，承旨，负责传旨；起居舍人，负责记录皇帝起居）、成均馆（掌成均之法，以治建国之学政，国家最高学术机构，包括律令、算学，负责讲课的部门），以及集贤馆、文渊阁等馆阁。
各主官或正四品，或从四品，官职与尚书省各部侍郎并行。其中市舶司、鸿胪寺、通政司、国子监、大理寺、翰林院、度支司名义上属中书省，但实际管辖权归政事堂，枢密院直属军机班，都察院直属门下省。
翰林院和枢密院都比较特殊。
中书侍郎、门下侍郎、尚书仆射分领保和殿、中和殿、文渊阁大学士，中书侍郎加平章政事衔，为宰事，门下侍郎、尚书仆射加参知政事衔，为执事，组成政事堂。中书左右丞、门下左右丞、吏部尚书、礼部尚书、户部尚书七人领昭文阁学士，加兼知政事衔，为参事，与宰事、执事组成内阁。中书舍人、门下给事中则以参掌机密的名义，均可参与到政事堂和内阁的所有决议中，但没有表决权。
所有政事以宰事、执事决议于政事堂，或宰事、执事、参事决议于内阁，呈交皇帝批复，然后中书舍人拟定、门下给事中副署，以“三省同奉圣旨”名义颂布，决议的具体细则有规定。也有皇帝直接下的诏书，叫中旨，但必须由知制诏拟定、知承旨递到三省备案，否则也是不合法的。
真正负责翰林院事务的是挂着掌院学士头衔的都知院事。
翰林院下属殿中司、詹事府，国史馆、成均馆、集贤馆、文渊阁。
保和殿、中和殿、文渊阁、昭文阁大学士、学士是专给内阁要员们挂职用的。大学士，学士，只是一种称呼头衔，无品级。
殿中司，翰林院最核心的两个部门之一。里面的知制诰负责皇帝诏书赦令的拟定，知承旨负责把诏书传递到中书省，由其会同门下省公布，知制诰和知承旨为从五品。一般知制诰和承旨的职位也会同时授予某人身上，也称都知制诰承旨，正五品。皆称为内制事。
成均馆是另一个核心部门，它主要皇帝和内阁做咨询，也负责给皇帝、宗室、大臣们讲课，所以成均馆学士一般也叫侍讲/侍读学士。
大秦朝沿袭前周习惯，非侍讲/侍读学士不得拟定制令。即中书舍人、知制诰承旨必须是成均馆学士。而要想进成均馆，必须是庶吉士出身。而为中书侍郎、门下侍郎或尚书仆射等宰辅阁相者，必须有当过中书舍人或知制诰承旨的经历。所以才有非庶吉士不得为相的说法。
国史馆，顾名思义，就是修前朝国史，而加国史馆学士，只是一种荣职，并不真正来修史。集贤馆，则是给一些学术拔尖、或精通杂学的文官特殊的荣誉职位。
武官系统，大秦朝沿前周制，有文武科举。武科举分州试、省试和会试。由州守备、行省总兵府和都督府主持。
武官之首为上将军，正二品，一般都是虚职，由王子遥领（一旦遥领即默认为太子）。
以下为五军大都督府，上将军即兼兵马大都督，再分中前后左右五军都督。中军都督为大都督府实际主持者，负责大秦朝的军备防务，以大都督府的名义任命各级军官武将。只有皇帝授权，方有调兵权。中军都督也称为为大司马，从二品。
前后左右四军都督为中军都督的副职，正三品，负责管理参军、辎重、情报、武备等大都督府下属各司。各司主官为都司，从三品，副职为都监，正四品。
各行省指挥使，边疆军镇的军兵马统制一般为从四品，镇兵马统制一般为正四品，全称为提督某某行省等处兵马指挥使，或统制某某军镇兵马指挥使。两者的区别是统制有部分便宜行事的权力，对属下将领军官的支配权更大些。兵马提督和兵马统制加普通将军号（包括镇守京师的镇朔、金吾、龙虎）一般为从三品。加镇东西南北将军号的，为正三品，加征东西南北将军号的为从二品。
五府守备为从正四品，要州守备为正五品，上州守备为正六品，中州守备从六品，下州守备正七品。总兵官和守备之间还有某州防御使，即巡视以某州为核心的某几州地区的防务兵备，为总兵官的佐官，从五品或正五品。
中下县尉从八品，上县尉正八品，下面还有巡检，即驻守要害关隘的军官，从九品到正九品，为县尉佐官。
军队中分小旗、旗把总，都是未入流，类似士官、士官长，总旗从九品（连级，小旗十人，把总领三十人，总旗领百人）、幢武侯（副职），正九品，幢都武侯（正职）从八品（幢领五百人）；队虞候（副职）正八品、都虞候（正职）从七品，营提辖（副职）正七品，都提辖（正职）从六品。小旗为基本作战单位，营是最高常规单位，以上就是军、镇，如泰宁军先锋营，或东宁镇前锋营。都提辖以上有管领，正六品，都管领，从五品，都是兵马统制下属，负责领兵，兵额不定，可能一营，也可能两营。还有负责辎重粮草的提调、负责军纪的提监，分别为正五品，为兵马统制官的副职助手。
中军都督可加柱国衔，为领班军机，协办军务的左右军都督可加上护军衔，加护军的节度使（以上皆为武将，需边镇军帅出身，为边镇地方军代表），枢密使（皇帝代表）、同知枢密使（文官代表）组成军机班，直接负责处理军务，一般七到九人。
五军都督、节度使、枢密使、同知枢密使以上皆称之为太尉。其中节度使可为军镇主将，称之为节帅或军前太尉，也可出巡边关或地方，巡视防务军备，此时被称为检校太尉。只有加了护理军务的护军头衔，不再兼任军镇主将的节度使，被称之为上护军（上三节度使）或左右护军（十二节度使），才可入班军机，协理军务（作为军队的代表）。
武官也分十八级，从从九品的旗把总到正四品的总兵和兵马统制，再到正一品的上节度使。（地方为总兵，边关军镇为兵马统制）
加将军号。一般在边关军镇，给某一军镇兵马统制加将军号，意味着他对该战区有节制权，一旦发生外敌入侵，或叛乱等大事，可以临机处置，调动辖区兵马御敌和平叛，但必须及时向军机班和内阁报备。
如关东一般加镇夷将军号，西北一般加平戎、征戎、镇戎将军，漠北一般加平虏、征虏、镇虏将军，西南和南边一般加平蛮、镇蛮、安蛮将军。负责北直隶安全、京师外面总预备队的北外大营统制加奋武将军，负责南直隶外围安全的加奋威将军。京营都指挥使加镇朔将军号，侍卫司都指挥使加金吾将军号，殿前司都指挥使加龙虎将军号。
如果遇到大的外敌入侵的战事，一般加镇东西南北将军号，负责东西南北方向的防务。如果要出征外敌，一般加征东西南北将军号。只有加了这些将军号，才有调兵权，地方必须配合粮草。如果武将不仅加将军号，还加了节度使号，就称为节帅，等于前汉晋的持节，战时可斩杀麾下违反军令的文武官将。
枢密院名义上属于兵马大都督府的常设办事机构，但实际上枢密使是皇帝的代表，同知枢密使是文官的代表。它只是负责代表皇帝和文官体系沟通和监察武官体系。
文武官员，从正九品官称为末流官，从八品官到正六品官，都叫外官，就是还有没有资格上朝的官员。从正五品官，叫殿下朝官，就是有资格到殿外排着上朝了，从四品以上，叫殿上朝官，属于有资格上朝的高官了。正职，可以坐在大堂上执掌权柄的叫堂上官，其余叫堂下官。