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在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和阿斯兰两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：
到现在阿斯兰才知道，原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工**里成功出生的最强调整人，而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。
穆和阿斯兰留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。
等到乌鸦高达和禁断高达恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和正义三架高达均未返回的大天使号，只得由自由高达和GN堕天使前往应战。
另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为林枫所阻拦，而我因为被禁断，主天使号和那三艘的舰船与MS不要命的炮火死死拖住所以没能立刻赶过去。
救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔.穆尔塔不禁大喜过望。
遭到联邦舰队和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草薙号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。
由于主天使号的两个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向ZAFT军的宇宙要塞“博亚兹”进军。
没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。
焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——Genesis（创世纪）
至此.seed的最终一战终于引来了序幕。德拉克.D.夏亚的最终敌人，万恶之源中遗漏出来的贪欲也将登场。
撒！战斗吧！少年啊！
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“开始了哦，诸位,现在就是将那些天上的怪物击落的时刻了！让他们知道！到底谁才是世界的主宰！！为了蓝色清净的天空！！”穆尔塔大声吼着蓝色波斯菊的口号，宣布了对PLANT的最终一战开始了。
数以千计的MS纷纷喷发着蓝色的光芒，袭向了PLANT的防卫线，在他们看来。已经失去中子干扰器的PLANT已经没有什么好怕的了！我们这边可是可以再度使用核弹的啊！
“为了蓝色清净的世界！去死吧！天上的怪物们！！”一架强袭短剑，第一个射出了这场战争的第一枚光束，瞬间打爆了一架金改。
但是他自己也被随后的数发光束撕成了碎片。
“为了地球！！”但是爆炸的位置立刻再一次被另一架强袭短剑所补全。噗咻！噗咻！再次射出了绿色的光束。
“为了蓝色清净的天空！！”咔嗒！轰！！
“地上没开化的野蛮人！！”噗咻！轰隆..~！
“为了在尤尼乌斯7而战死的哥哥！！！”咔嗒！轰轰轰！！
“主天使号发动，在PLANT没有完全布置好防卫前撕开一个口子！主炮发射准备！”娜塔尔所在的主天使号这时也冲入了战场。
“发射！！！”娜塔尔一声令下，早就已经凝聚好了的死亡光芒立刻喷发了出去。一瞬间就清空了一个射程内的所有MS。
在原本漆黑的宇宙中，在这一片区域内瞬间成为了光芒的海洋。不过..是死亡光芒的海洋那。
每一分，每一秒，每一个呼吸间，都会有人杀人，都会有人被杀。杀了他我就能活下去，杀了别人才能保证自己的存活。不杀就会被杀，杀就能保证自己还能再苟活一秒钟。
因此！为了能够再苟活的一秒钟而杀吧！杀了别人！夺取他人的生命！成为我那多活一秒钟的垫脚石吧！！
咔嗒！轰！！！
“报告！左旋30°，大量MS接近中。是PLANT的新型机！！”主天使号上的观察员紧张的报告到。
“主炮再充能,巴里安特启动，对空防御飞弹（罗曼特）发射！！”娜塔尔冷静的命令道
轰咻！！！....，再次怒吼的主炮袭击向了MS群，随后的巴里安特与对空防御导弹也喷射而出。
轰轰轰轰轰轰！！！！！，一个个爆炸所产生的烟雾圈就这样出现在了主天使号的面前。
在这一片激战的领域中的不远处....，一架架运输着核弹的MA正隐秘的偷偷向PLANT飞去。
想要以核弹来发动总攻的穆尔塔此时也正阴笑着看着眼前的战场。{尽情的在这里厮杀吧！等待你们的将是PLANT被核弹轰击而坠毁的绝望般的消息！哼哈哈哈哈哈}
而此时已经得到核弹消息的大天使号和永恒号他们也正在前来的途中。
“基拉.大和，自由高达待机”
“阿斯兰.萨拉,正义高达待机”
“焱坤，剑装强袭高达改待机”
“穆·拉·弗拉格，飞翼形强袭待机”
在大天使号的机库内一架架为了迎接最终一战的高达们已经待机完毕，这时各个机体内的频道都接通了，拉克丝的声音从里面传了出来。
“诸位...，联邦军所使用的核弹哪怕一个也绝对不可以让它们击中PLANT上，如果这种攻击降临在即使受到苦难也无力诉说的民众身上，这又会换来无尽的仇恨与泪水。诸君，拜托了。为了斩断这仇恨的连锁，请务必全力而为。”
“了解”X4
“自由高达,道路清空.出击.请！”
“自由高达，基拉大和出击！”
“正义高达，道路清空.出击.请！”
“正义高达,阿斯兰.萨拉出击！”
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“没关系吗？让那个不知底细的焱坤也加入进来..”这时安德鲁大叔在舰桥内突然说道。
拉克丝微微摇了头，说道：“不知道，但是现在的我们是非常需要力量的。即使那位大人不愿为和平而尽一分力，我想也是不会对我们刀刃相向的”
“嘛....，既然您这样说了，啊！对了，夏亚那个少年呢？从刚刚开始就没他的身影了那”安德鲁说道。
拉克丝看了眼前方激战的宇宙区域，想了我在离开前对自己说的话。
“拉克丝，再接下来的战斗我无法在听从你的吩咐。我降临于这个世界的目标，世界之恶的源泉中逃离出来的一份邪恶，
名为贪欲的世界之恶将会出现在这个世界里的某个人身上。或者是某样物体身上。作为这个世界剧本的第一场谢幕，它必然会出现的。原谅我拉克丝...，我不得不去结束它才可以再过来帮助你。”我看着拉克丝的眼睛说道。
“你是我的剑,这是你永远的誓言。所以.....仅仅只是分开一会罢了，无需道歉的夏亚。”拉克丝轻轻的摇了摇头说道，然后走过来抱住我。
“只是...务必在我需要你的时候。请一定要出现啊...，不然的话..我绝对不会原谅你的。”拉克丝将头埋在我的胸前说道。
“任务了解,我会做到的。”我轻笑了下说道。
“那家伙已经出现了，我也必须过去了...，不然会有非常非常多的人死去。那样的话，我想拉克丝一定不会愿意见到的吧”我接着说道
“恩！请多加小心！”拉克丝笑着从我怀里脱出然后说道。
“拉克丝小姐，拉克丝小姐？”安德鲁连续叫了好几声拉克丝，才将拉克丝从回忆中叫醒。
“啊...?!抱歉。我走神了。”拉克丝被安德鲁惊醒后说道。
“不...没什么的，不过既然接下来就是前往战场了，还是请多加注意的好。”安德鲁好心的提醒道。
“是的，我明白了。”拉克丝严肃的点了点头说道。
然后再次抬起头看着那一片死亡的海洋中，那一抹不同寻常的一抹绿色荧光。
{请务必要平安归来....，不然的话..我..。}拉克丝摇了摇头，将乱七八糟的思想赶出了脑外。
“永恒号最大动力！务必要阻止这场愚蠢的战争！”清脆的声音再次响起与舰桥内。
最终一战的三方终于齐汇一起。接下来就是最终一战的最后时刻了！
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今天绝对要结束了seed！一更不行就二更，二更不行就三更！
小九今天要爆发啦！！！！！！